Il 25 giugno 1781 il Vescovo di Pistoia e Prato, Scipione De Ricci, scrive al Pontefice Pio VI una lettera dai toni preoccupati circa alcuni eventi occorsi nel monastero di Santa Caterina di Prato, dove "due religiose, oltre a professare sfacciatamente il quietismo, trattano d'invenzione di uomini, e Trinità, e incarnazione, e sacramenti ed eternità..."
Il Vescovo, in seguito, invierà al monastero l'abate Lorenzo Palli, suo vicario, per approfondire la natura e la verità dei fatti e condurre un interrogatorio ufficiale delle monache e dei testimoni.
Partendo da questo remoto e sconosciuto evento storico, una storia di scandalo e sospetta eresia avvenuto secoli fa nel chiuso delle mura di un convento, “L’ abbandono” indaga il rapporto e il conflitto esistente tra la natura del potere e dell'autorità e il desiderio di libertà, ineliminabile e irriducibile nel fondo dell'essere umano.
La sceneggiatura, basata sulle memorie del Vescovo e sulla preziosa trascrizione integrale dell'interrogatorio, nella finzione drammaturgica prende le mosse dall'avventura umana del giovane vicario e del suo incontro, nel silenzio del convento, con la misteriosa Suor Irene.
Personaggio, quest'ultima, di grande carisma e seduzione, che, in un cosmo tutto maschile come quello della Chiesa, conduce una battaglia solitaria e coraggiosa nel sostenere le proprie convinzioni dottrinali e nel fermo rifiuto ad essere ricondotta ad un ordine e ad una disciplina che ormai avverte solo come una costrizione e una violenza nei confronti della propria natura.
Suor Irene, peraltro, può ben rappresentare la voce di molte di quelle religiose e mistiche, che lungo diversi secoli, sono state fatte tacere nel chiuso dei chiostri, accusate di follia o stregoneria, ed espunte infine da ogni storia ufficiale.
Il viaggio del Vicario, nel film, si rivela infine come un viaggio alla scoperta di una dimensione del desiderio e della creatività vitale sostenuta dalla forza dell'eros, o se vogliamo utilizzare i termini junghiani, come un vero e proprio processo d'individuazione, culminante nell'integrazione della dimensione femminile, Anima, con quella maschile e razionale dell'Animus.