Alla scuola per fate di Alfea si festeggia l'inaugurazione del nuovo anno scolastico quando il party viene interrotto da Icy, Darcy e Stormy, le perfide Trix. Le Winx, senza Bloom, sono costrette a rimediare allo scompiglio creato dalle streghe che, dopo aver mandato a monte la festa, rubano un oggetto potentissimo e misterioso. Intanto Bloom è su Domino, dove sta vivendo i momenti più belli della sua nuova vita da principessa. Ha finalmente ritrovato i suoi genitori e Sky le chiede di sposarlo. Ma non è tutto oro quello che luccica, le tre Streghe Antenate sono infatti tornate a tormentare Stella, Aisha, Tecna, Musa, Flora e Bloom. Inoltre, Erendor, il padre di Sky, vieta al figlio di sposare la principessa di Domino. Un oscuro segreto grava sul regno di Eraklyon ed è ora che Sky, legittimo sovrano del regno, ne venga a conoscenza.
Nel frattempo, con l'aiuto delle Trix, le Antenate sono riuscite a rintracciare l'Albero della Vita che tiene in equilibrio la magia positiva e quella negativa. Con un incantesimo potentissimo riescono a rompere quest'equilibrio e a risucchiare da tutta Magix l'energia del bene. Bloom e le sue amiche si ritrovano così senza poteri e costrette ad affrontare nuovamente le Streghe, simbolo di ogni male.
Riusciranno le nostre eroine a trovare il modo di ristabilire l'equilibrio nella dimensione magica? E qual è il segreto che tiene lontani Sky e Bloom? Il loro amore sopravviverà a questa nuova prova?
Tra gag esilaranti e momenti di vera magia, le Winx tornano a volare.