Rafael è la storia vera di una giovane coppia, l’olandese Winny e il tunisino Nizar, innamorati, appena sposati e in attesa del loro primo figlio, Rafael.
I due stanno cercando di costruire una nuova vita insieme in Tunisia, tutto sembra andare per il meglio, ma la serenità svanisce quando nel 2011 attorno a loro vedono scoppiare i primi fuochi della Primavera Araba.
Neppure gli ospedali sono ormai al riparo dalla violenza e Winny e Nizar decidono di lasciare la Tunisia per la più sicura Olanda. Ma se per Winny sarà facile salire su un aereo per Amsterdam, a Nizar viene negato il visto e dunque l’imbarco. L’Europa sta chiudendo le frontiere. Dopo mesi d’inutili attese, il giovane tunisino decide di attraversare il Mediterraneo ed entrare in Europa clandestinamente per poter raggiungere Winny e assistere alla nascita del figlio. Inizia qui il calvario di Nizar che conoscerà l’inferno dei viaggi sui barconi, dei “centri di accoglienza”, l’indifferenza dell’Europa e l’assurdità della burocrazia che lo respingerà mandandolo in Libia. La giovane moglie farà di tutto per potersi ricongiungere al marito prima della nascita di Rafael.