"Territori d'ombra" è un film drammatico, raccontato con la struttura e il ritmo di un film "noir", un urlo di rabbia contro la violenza esercitata sui deboli, sui puri, sugli innocenti. La storia ruota attorno a Luca, Margherita e Franz, tre personaggi che hanno in comune un destino e un passato di violenza.
Luca è un uomo di quarant'anni che porta in sé la memoria lacerante di un'infanzia distrutta dalle ripetute attenzioni morbose del padre. Margherita, anche lei quarant'anni, è Sostituto Procuratore della Repubblica a Tolmezzo, dove si è trasferita dopo aver subito ad Agrigento l'ultimo, tragico "avvertimento" mafioso che l'ha segnata per sempre. Franz, quarantacinque anni, è Procuratore della Repubblica a Tolmezzo e ha un oscuro passato che lo ha legato alle attività criminali dell'avvocato Dolbecco.
Dolbecco, incriminato a Milano per atti di terrorismo e in seguito scagionato proprio grazie alla testimonianza di Franz, si è rifugiato in Carnia dove, nella "casa delle cento finestre", oltre a dare ospitalità a chi cerca perverse esperienze sessuali, produce videocassette pornografiche destinate al mercato internazionale dei pedofili.
Nel panorama magico e misterioso dei monti della Carnia il rapporto che si stabilisce tra questi personaggi è uno dei binari del film, quello "noir", che porterà Luca e Margherita, con diverse motivazioni ma un'unica passione, a ricercare insieme nodi e connessioni, a indagare e a smantellare l'organizzazione criminale di Dolbecco.